在一般高压水射流清洗系统中，由于用水量较大（通常在2m³/h以上）对水质处理成本太高，通常情况下一般工业用水即可满足要求，为了确保泵、阀、密封及喷嘴的正常工作，咋泵入口处设置有过滤网或过滤器，网的孔径在20~200μm之间。流量大、压力低的取大指，流量小、压力高的取小值。当清洗装置所用水源清洁度较低时，应考虑采用多级过滤，以减少过滤网或过滤器的清洁次数。在较高过滤精度下，由于过滤器阻力损失较大，应保证过滤系统入口有足够的的压力，必要时可设置前置离心泵（对压力较高的泵尤应如此），以确保吸入系统不发生气蚀并保持吸入的连续性。

        对高压水射流切割系统，由于其工作压力通常在100~420MPa之间，因而对水质的要求也相应较高，同时由于切割所需流量均较小，一般在2~4L/min之间，因而提供水质也就成为可能。

对420MPa射流切割系统用水质的量基本要求是水中大于0.5μm的杂质颗粒必须除去，因此泵入口处至少要设置三道滤网，分别为10~20μm孔径、1μm孔径及0.5μm孔径。一般清水中除含有一定量微小固体颗粒外，还有不少溶解于水中的矿物质，如碳酸钙、锰、铁及二氧化硅等，不仅降低喷嘴使用寿命，而且影响射流的凝聚性，从而降低切割效率。

        实际水质要求与水源水质、喷嘴的必须寿命、切割机连续工作要求有关，而水处理装置则包括有水质软化器、反渗透净水装置、水离解装置等，水处理装置的单位水处理量须满足水切割机水量要求。由于水切割机的启停较频繁，因而在水处理装置后可附设一小水箱，以储存一定合格水，同时供水管路系统最好采用PVC管，铜管和铁管会增加水中的TDS（即所有溶解固体含量）含量为了确保水质满足要求，最好在泵入口处设一固定取水样装置。

        根据实验，相同寿命下，使用去离子水喷嘴状态最好，反渗透工艺生产的水与去离子水相当，具体选择应根据总体成本和使用费用以及系统使用地已有的水处理设备的性能来确定。通常水源中TDS含量越高，使用反渗透工艺生产的水就越经济，必须注意的是：水中杂质清除过度，将使水变得更具腐蚀性，因为此时与水接触的材料中的元素将试图取代水中被除去的元素，所以用混合床离解系统对水质进行过分处理，反而对高压设备的使用有害。

有时。为了提高切割效率，可以在水中加入添加剂，其中以聚丙稀酰胺效果最好，聚合物的加入不仅可以提高切割深度，材料进给速度，还能延长喷嘴使用寿命。